يشكل الوعاء الضريبي المطبق بقطاع الصيد، اضافة الى ارتفاع تكاليف الانتاج و هدر اليد العاملة من مع العوائق الكبيرة التي تبسط سوادها على السير العادي للاستثمار ، حيث يبقى نظام الاقتطاعات من المنبع لنسب مهمة من الحصة الاجمالية دون الأخذ بعين الاعتبار تكاليف الإنتاج عاملا مؤثرا على مداخيل البحارة الذين تحتسب أجروهم عن طريق الحصص ، هذا اذا علمنا أن نسبة الاقتطاعات تصل الى 17.5 % من البيع الخام (رقم المعاملات) لمراكب الصيد الساحلي تستخلص مباشرة عند بيع مفرغات الصيد البحري من طرف المكتب الوطني للصيد.
الضريبة و الازدواج الضريبي يبدو أن وجد في الصيد البحري منهلا لتموين خزينة الدولة ، حيث أنه و بالاضافة الى الضرائب المباشرة على الصيد ، تنخر ميزانية مهني= الصيد البحري ضريبة على معدات و التجهيزات حيث يتم احتساب واقتطاع الضريبة على القيمة المضافة في عمليات الشراء دون إمكانية استرجاع هذه الضريبة فيما بعد، و هي تكاليف تنضاف الى سابقاتها ما ينعكس سلباً على نشاط المهنيين ومردوديتهم في الوقت الذي تعرف فيه تكاليف الإنتاج الأخرى أيضاً (المحروقات، التموينات المختلفة) تزايدا مستمرا.
الكنفدرالية الوطنية للصيد الساحلي و في مذكرتها الى المسؤولين و المتدخلين في القطاع، دعت الى تغيير نظام التصريح بالمداخيل في آخر السنة و تعويضه بنظام اقتطاع هذه الضريبة مباشرة من مبيعات المراكب داخل أسواق السمك من طرف المكتب الوطني للصيد،كحل لهذه الاشكالية التي اضحت معيقا للاستثمارات في قطاع يفترض أن يحافظ على جاذبيته، مشيرة الى أن مهني الصيد البحري، يتعرضون لحيف كبير جراء نظام التصريح بالمداخيل آخر السنة حيث يصعب عليهم تبرير جميع مصاريفهم أمام استحالة الحصول على الفواتير من مقدمي الخدمات التي يحتاجها المركب بشكل يومي، ما يؤدي إلى احتساب جزء كبير من المصاريف كأرباح يحصل عليها المهنيون وبالتالي ارتفاع قيمة هذه الضريبة.
